砂時計の本体部分は、ガラスあるいは類似の透明な管でできており砂が封じ込められている。「砂」は、砂鉄が用いられることもある。砂の量は内部の体積の半分以下になっている。管はくびれており中央に行くに従い細くなっている。砂がそのくびれを通過して管の上部から全て下の管に落下するのを見ることで時間を計る。砂の代わりに貝殻や大理石を粉砕したものも使われた。
くびれはその形状の相似から、「蜂の腰」とも言われる。
砂は粉粒体であるため、砂の量とくびれの傾斜や細さ、そして砂の質で時間が決まり、通常個々の砂時計で固定である。管の部分を保持するための外枠がついている場合が多い。
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